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Sequenziermaschine von Pacific Biosciences vorgestellt
Die mit Spannung erwartete neue Sequenziermaschine von Pacific Biosciences ist endlich da.
Das Unternehmen stellte das Instrument den Teilnehmern der Treffen zu Fortschritten in der Genombiologie und -technologie , ein mondänes Event, das zu einem Ort geworden ist, um beim Sequencing für Furore zu sorgen. Mit einer Risikofinanzierung von bisher 266 Millionen US-Dollar und einer einzigartigen Technologie, die in der Lage ist, einzelne DNA-Moleküle in Echtzeit zu lesen, ist Pacific Biosciences seit seiner Gründung das meistdiskutierte Start-up-Unternehmen im Bereich der Sequenzierung zuerst aufgetaucht aus dem Stealth-Modus auf derselben Konferenz im Jahr 2008. Pacific Biosciences wurde sogar zu einem unserer TR50 , den 50 innovativsten Unternehmen, ernannt.
Das Unternehmen gab auch bekannt, dass es bereits zehn Einheiten zu einem Preis von jeweils 695.000 US-Dollar verkauft hat, wobei eine Reihe von Sequenzierungszentren in den Startlöchern warten. (Zu der ersten Kundenrunde gehören: Baylor College of Medicine, das Broad Institute, Cold Spring Harbor Laboratory, das US Department of Energy Joint Genome Institute, das Genome Center der Washington University, Monsanto, das National Cancer Institute/SAIC-Frederick , das National Center for Genome Resources, das Ontario Institute for Cancer Research und die Stanford University.)
Auf der Konferenz 2008 machte Firmengründer Stephen Turner erstmals seinen oft wiederholten Anspruch auf ein Instrument, das in nur 15 Minuten ein menschliches Genom sequenzieren kann. nach a Vorschau auf Bio-ITWorld.com aktualisierte CEO Hugh Martin diese Vorhersage:
Martin sagt, dass die aktuelle Maschine auch bei zukünftigen Upgrades nicht diejenige sein wird, die das „15-Minuten-Genom“ liefert, wie PacBio-Gründer Stephen Turner vor zwei Jahren behauptete. Obwohl sich die Zahl der ZMWs auf einer SMRT-Zelle im Laufe der Zeit auf 160.000 ZMW verdoppeln wird, benötigt PacBio 1 Million, um das Genom zu erhalten. Es ist wahrscheinlich [fähig] ein 2- oder 3-Stunden-Genom zu liefern. Das V2-Instrument wird das 15-Minuten-Ziel erreichen, aber die Veröffentlichung ist jetzt nicht vor 2014 geplant.
Das Bio-IT-Stück stellt auch fest, dass
Martin hat in der Maschinenvorschau keine Trace-Daten in der Vorschau angezeigt oder Fehlerraten diskutiert. Bei der vollständigen Veröffentlichung später in diesem Jahr sagte er jedoch, dass die durchschnittliche Read-Länge 1000-1250 Basen betragen wird, etwas länger als 454 oder Sanger-Sequenzierung, mit 5% Reads zwischen 3-5 kb. Für ein gezieltes Sequenzierungsexperiment erhalten Sie 5 % von 30 % [das Poisson-Limit] von 80.000 [ZMWs] – also 1.000 Reads im Bereich von 3-5 KB für 99 US-Dollar. Trotz des geringeren Durchsatzes im Vergleich zu den High-End-Maschinen der zweiten Generation wies Martin auf einen Flexibilitätsvorteil hin, der beispielsweise die Durchführung von diagnostischen Proben ermöglicht, ohne warten zu müssen, bis sich genügend Proben für einen Lauf auf einer 2nd-Gen-Box lohnen .
Nicht alle waren beeindruckt. Genetiker und Blogger Daniel MacArthur bemerkte in a neuer Beitrag ,
Insgesamt kann ich nicht anders, als von allem, was ich bisher von PacBio gesehen habe, überwältigt zu sein, insbesondere im Vergleich zu den dramatisch überhöhten Behauptungen (15-Minuten-Genom, irgendjemand?), für die das Unternehmen in den letzten Jahren berüchtigt geworden ist .